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Si l'histoire des hommes à Madagascar se réduit à quelque 2000 ans seulement, pour comprendre le peuplement de l'île par les plantes et les animaux, il nous faut remonter dans les temps géologiques et considérer des millions d'années. Madagascar faisait partie du vaste continent Gondwana, il y a encore 200 millions d'années et s'en sépara, il y a près de 165 millions d'années en même temps que l’actuelle péninsule indienne.
Bien plus tard, l'Inde dérivera vers le nord en entrant en collision avec l'Asie, il y a environ 45 millions d'années. Lors de la séparation de l'Afrique et de Madagascar, la faune et la flore des masses continentales étaient très anciennes, les dinosaures dominaient alors la planète, les mammifères étaient petits et nocturnes, les Angiospermes n'existaient pas encore et la flore se limitait aux Gymnospermes (comme les conifères) et autres groupes anciens comprenant notamment les fougères.
L'extinction des dinosaures lors du chambardement de la fin du Crétacé (il y a environ 65 millions d'années) permit à de nouveaux groupes de coloniser les terres (et les mers) et la place des grands animaux était libre. Les mammifères devinrent le groupe dominant dans le règne animal avec l'apparition de la branche des Humanoïdes, il y a moins de 10 millions d'années, mais l'évolution de cette branche née en Afrique ne concernera pas Madagascar qui poursuivait sa course particulière.
Des groupes d'animaux et de plantes allèrent à la conquête de la grande île, par la voie des airs, de la mer ou en se faisant transporter par d'autres animaux ou par des débris végétaux flottants sur la mer. Ils colonisèrent ainsi à Madagascar des niches écologiques vides. Les affinités des peuplements malgaches sont africaines mais également indiennes, malaisiennes et australiennes. Les groupes d'animaux et de plantes ont cependant une histoire tellement ancienne et particulière qu'ils présentent tous un élément spécifique et le plus souvent unique, véritables reliques qui ont disparu aujourd'hui des masses continentales mais qui ont évolué à Madagascar en vase clos.
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