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Une variété de paysages dans des milieux moins riches
Les zones humides et côtières
Les lacs
Cinq grands lacs sont rencontrés à Madagascar. Les lacs Alaotra et Itasy sur les Hauts Plateaux, le lac Kinkony à l'ouest et les lacs Ihotry et Tsimanampetsotsa au sud.
• Le lac Alaotra est le plus grand lac de Madagascar avec une surface de 22000 ha (220 km2). Il est peu profond et transformé à usage agricole depuis le début du XXe siècle. Il était connu comme un site exceptionnel pour les oiseaux aquatiques mais cela n'est plus qu'histoire et les deux oiseaux endémiques qui ne se reproduisaient que sur ses eaux ont probablement disparu ou sont en voie d'extinction.
• Le lac Itasy situé à 1 220 m d'altitude et d'une surface de 3 500 ha est assez profond ; ses eaux sont froides et relativement propres. Des collines dénudées et érodées l'entourent. Des zones marécageuses sont rencontrées vers le sud.
• Le lac Kinkony, à une altitude de 8 mètres, présente une surface de 10 000 ha en période d'étiage qui passe à 15 000 ha en crue en étant alors relié à divers autres lacs satellites. Ses berges est et sud sont couverts d'une forêt sèche caducifoliée avec de grands arbres sur lesquels le Pygargue de Madagascar peut être observé.
• Le lac Ihotry peut atteindre une surface de près de 10 000 ha mais se réduire à moins de 1 000 ha pendant les années les plus sèches (cf: chap Sud).
• Le lac Tsimanampetsotsa est un lac d'eau saumâtre, peu profond et saturé de sulfate de chaux qui lui donne une couleur laiteuse (cf: chap Sud).
Entre Maintirano et Antsalova, sur la côte occidentale, une grande zone de lacs et de marais constitue l'un des sites les plus importants pour les oiseaux d'eau de Madagascar. Il s'agit en particulier des lacs Manambolomaty (Befotaka, Soamalipo, Ankerika qui constituent des lacs de première importance pour le Pygargue de Madagascar).
Les mangroves
Si dans la plupart des endroits du globe, les océans rongent le littoral, les mangroves avancent sur la mer et la font "reculer". Les mangroves sont rencontrées dans les zones tropicales de l'ensemble du globe et ses arbres les plus caractéristiques sont les palétuviers avec leurs racines échasses qui leur permettent de s'ancrer au fond et de résister au balancement des marées. Dans l'ouest de l'Océan Indien, Madagascar présente la plus grande surface de mangrove avec près de 330 000 ha dont 97% sur la côte occidentale. Peu d'espèces d'arbres constituent la mangrove qui est un milieu difficile d'accès, encombré de pneumatophores et de racines échasses, sur un fond vaseux.
Les bords de mes et récifs
Avec quelque 5 000 Km de côtes, les paysages du bord de mer sont variés. En de rares endroits de la côte orientale, la forêt sempervirente descend jusqu'aux plages comme sur la côte ouest de la presqu'île Masoala. Des falaises marquent les caps nord (cap d'Ambre) et sud (cap Sainte-Marie) mais totalement différemment.
Les bords de mer sont généralement plus attrayants lorsqu'ils prolongent les milieux naturels, mais ces cas sont de plus en plus rares. Les plages de cocotiers, palmier importé à Madagascar, existent en plusieurs endroits.
Les récifs coralliens
Ils sont généralement distribués le long de la côte occidentale, formant localement une barrière. Ils sont beaucoup moins communs le long de la côte est où ils sont principalement localisés sur la partie nord-est de l'île, autour de Mananara, à l'Ile Sainte Marie, Vohémar et entre Antalaha et Cap-Est. La longueur totale des récifs de la côte ouest est estimée à 1000 Km environ. Les grands récifs connus sont ceux de Tuléar et de Nosy-be. Les nombreux îlots dispersés le long de la côte ouest présentent également des récifs coralliens à leur pourtour.
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